PGS.TS Huynh Wynn Tran: Chủng virus mới tại Việt Nam có thể là chủng D614G - hiện đang hoành hành ở châu Âu và Mỹ

Ngày 26/7, Đà Nẵng phát hiện ca nhiễm Covid-19 mới sau 99 ngày cả nước không có ca nhiễm trong cộng đồng. Trong cuộc họp với Thủ tướng Chính phủ ngày 27/7, Quyền Bộ trưởng Y tế Đà Nẵng Nguyễn Thanh Long cho biết, các ca bệnh Covid-19 tại Đà Nẵng mang chủng virus mới và hiện chưa tìm được ca F0.

Bài viết dưới đây của PGS.TS Huynh Wynn Tran sẽ giúp mọi người có cái nhìn chung về cách biến đổi gene của virus Sars-Cov-2, các chủng loại, và tìm ra câu trả lời cho câu hỏi "chủng" virus mới tại Việt Nam là chủng gì?

Chủng mới virus là gì?

Để hiểu chủng loại virus, chúng ta nên tìm hiểu chút về virus và cấu trúc. Virus không phải là vật thể sống (non-living organism), virus chứa các gene di truyền (RNA hoặc DNA) bên trong vỏ bọc protein. Virus cần phải có tế bào chủ mới có thể dính vào, nhân bản, và phát tán. Virus không tự di chuyển hay "bay nhảy". Chính chúng ta là người mang virus Sars-Cov-2 phát tán khắp nơi thông qua tiếp xúc gần và đường thở.

Một chủng virus được xem là mới khi có thay đổi có sự thay đổi đáng kể về gene (di truyền) và có thể thay đổi (hoặc không thay đổi) về đặc tính sinh học (khả năng tấn công vào tế bào chủ, khả năng nhân bản, độc tính, và khả năng lây lan).

Virus gây bệnh Covid-19 là virus họ Coronavirus, tên là Sars-Cov-2, là loại virus + RNA (Positive-sense RNA), đây là họ virus có kích cỡ to (kích cỡ 30kb), bên trong chứa một chuỗi gene di truyền (chuỗi đơn) RNA gồm mũ 5' và đuôi 3' (A tail) (3). Khi vào bên trong tế bào, virus Sars-Cov-2 dùng chuỗi gene RNA này kết hợp với các protein trong tế bào chủ (replicase) để sản sinh ra protein mới (vỏ virus mới, S spike protein mới, vv...) và tiếp tục nhân bản. Chính vì là chuỗi di truyền đơn RNA nên cấu trúc virus Sars-Cov-2 không ổn định, rất dễ bị thay đổi sau nhiều tỉ lần copy và nhân bản qua hàng triệu tế bào. Vì vậy, sự dị biến của các virus họ RNA thường được dự đoán sẽ xảy ra.

Một chủng virus được xem là mới khi có sự thay đổi đáng kể về gene (di truyền) và có thể thay đổi (hoặc không thay đổi) về đặc tính sinh học (khả năng tấn công vào tế bào chủ, khả năng nhân bản, độc tính, và khả năng lây lan) (4) (5).

Sars-Cov-2 từ lúc gây bệnh Covid-19 đến giờ đã nhân bản hàng tỉ lần, vì vậy, chắc chắn sẽ có nhiều sự thay đổi (variants) trong gene của virus này. Các nhà khoa học khắp nơi trên thế giới đã phân tích và tìm ra nhiều sự thay đổi trong chuỗi gene đơn RNA.

Các chủng loại Sars-Cov-2 đã có: từ 3 chủng " A, B, và C" ban đầu, cho đến "7-8 chủng G, L, S, V...", và tương lai những chủng 19A, 19B, 20A, 21C...

Sars-Cov-2 từ lúc gây bệnh Covid-19 đến giờ đã nhân bản hàng tỉ tỉ tỉ lần, vì vậy, chắc chắn sẽ có nhiều sự thay đổi (variants) trong gene của virus này. Các nhà khoa học khắp nơi trên thế giới đã phân tích và tìm ra nhiều sự thay đổi trong chuỗi gene đơn RNA.

Từ lúc bắt đầu đại dịch, gene của virus Sars-Cov-2 đã được tổ chức GISIAD, một tổ chức phi lợi nhuận, chuyên về phân tích gene của virus cúm mùa từ Đức, Singapore, và Hoa Kỳ đã theo dõi kỹ càng.

Tháng 3/2020, GISAID này nhận ra có 3 thay đổi (variants) lớn dựa trên 160 phân tích gene của virus Sars-Cov-2 toàn cầu và tạm xếp vào 3 nhóm A, B, và C (hình bên dưới). Bài nghiên cứu này được công bố vào tháng 4 với các chi tiết rõ hơn trên PNAS (viện hàn lâm khoa học Hoa Kỳ) (6). Nhiều báo chí đã vội đăng các thay đổi này 3 loại virus Sars-Cov-2 mới (7). Điều này thật ra không đúng, đây chỉ là thay đổi nhỏ variant, có thể tạm gọi là chủng A, B, C thì hợp lý hơn.

Đến tháng 7/2020, GISAID đã có đến 73,000 phân tích gene và phân loại gần 5,000 gene của virus này (so với chỉ có 160 lúc tháng 3), và dĩ nhiên, chúng ta tìm ra thêm nhiều thay đổi do có nhiều phân tích gene.

Mặt khác, GISAID cũng thay đổi cách đặt tên cho phù hợp với số lượng lớn các thay đổi. Thay vì đặt tên chủng là A, B,C, GISAID gọi là các chủng S, L, V, G, GH, GR theo cách thay đổi Amino Acid ở các protein sau khi dịch bởi RNA (8). Tuy nhiên, tên kiểu này có nhiều giới hạn vì theo thời gian, sẽ có thêm nhiều thay đổi. Vì vậy, GISAID dự tính sẽ bắt đầu cách đặt tên mới là theo tên năm + letter như 19A, 19B, 20A, 20C.

Việc có các chủng mới của Sars-Cov-2 xảy ra là chuyện đương nhiên. Với tốc độ phát tán và lây nhiễm hiện nay, chúng ta sẽ thấy có thêm nhiều chủng mới được phát hiện.

Gần đây, tổ chức Nextstrain chuyên theo dõi các thay đổi các chủng virus mới của virus Sars-Cov-2 bắt đầu đặt tên theo chủng mới (9) như 19A, B.

Như vậy, việc có các chủng mới của Sars-Cov-2 xảy ra là chuyện đương nhiên. Với tốc độ phát tán và lây nhiễm hiện nay, chúng ta sẽ thấy có thêm nhiều chủng mới được phát hiện. Câu hỏi quan trọng là "sự thay đổi này có làm virus nguy hiểm hơn không?".

Virus Sars-Cov-2 thay đổi gene rất chậm

Để biết virus Sars-Cov-2 có nguy hiểm hay không, các nhà nghiên cứu theo dõi khả năng thay đổi (mutation) của virus Sars-Cov-2 là nhiều hay ít. Theo các nghiên cứu từ Viện Nghiên Cứu Quốc Gia Los Alamos thì hiện nay virus Sars-Cov-2 thay đổi rất thấp, thấp hơn nhiều so với virus HIV và virus cúm mùa (11).

Quan trọng hơn là chưa có bằng chứng cho thấy có thêm độc tố của virus này, thêm khả năng gây bệnh mạnh hơn. Bài báo từ New England Journal of Medicine cho thấy virus Sars-Cov-2 chủng D614G thay đổi gene S spike protein rất chậm, chỉ 0.3% so với bản gốc từ Vũ Hán (14).

Chủng virus D614G là chủng đáng quan tâm nhất

Tôi đã từng nhắc về một chủng virus Sar-Cov-2 mà đang chiếm phần lớn virus Sars-Cov-2 toàn cầu đó là virus chủng D614G. Chủng này đáng quan tâm nhất vì đây là chủng có thay đổi một amino acid (từ Aspartate D thành Glycine G 614) tại S spike protein, là protein quan trọng để bám và tế bào chủ và gây nhiễm bệnh. Theo đánh giá của nhóm TS Korber cũng từ Viện nghiên cứu Los Alamos thì khả năng nhiễm bệnh của chủng này đã tăng lên đáng kể do tăng khả năng nhân bản của virus (12). Các thay đổi Amino Acid ở các chủng khác không xảy ra ở S Spike protein nên ít nguy hiểm hơn.

Kỹ năng phân tích gene và công nghệ sinh học ở Việt Nam cũng đã có những bước phát triển đáng kể. Tuy nhiên, chủng virus mới xuất hiện tháng 7 tại Đà Nẵng chưa thấy xuất hiện trên GISAID vì có lẽ còn quá mới.

Tuy nhiên, các nhà khoa học từ Anh Quốc thì cho rằng đánh giá này hơi sớm và hơi vội vàng (4), và chúng ta chưa có bằng chứng một chủng virus Sars-Cov-2 độc hơn và mạnh mẽ hơn (13).

Các chủng Sars-Cov-2 của Việt Nam đều có cập nhật trên GISAID và Nextrain

Ngay từ tháng 1, Việt Nam đã có những phân tích gene về virus này cập nhật các chủng virus trên GISAID (và sau đó là Nextstrain) (10). Dữ liệu cho thấy có 32 phân tích gene của Sars-Cov-2, với các chủng G,GR, GH, S, V từ tháng 1 đến 4 năm 2020. Điều này cho thấy kỹ năng phân tích gene và công nghệ sinh học ở Việt Nam cũng đã có những bước phát triển đáng kể. Tuy nhiên, chủng virus mới xuất hiện tháng 7 tại Đà Nẵng chưa thấy xuất hiện trên GISAID vì có lẽ còn quá mới.

Chủng mới Sars-Cov-2 có thể ảnh hưởng đến vacxin không?

Như vậy, virus Sars-Cov-2 rõ ràng thay đổi, nhưng rất nhỏ và rất chậm (khoảng 0.3% ở S spike protein), và nguy hiểm nhất có thể là phần S spike protein (chủng D614G). Tuy nhiên, các thay đổi này sẽ không ảnh hưởng đến vaccine vì kháng thể do vaccine tạo ra thường có khả năng nhận dạng virus qua toàn bộ S spike protein.

Chẳng hạn như, các thay đổi trên virus Sars-Cov-2 hiện nay cũng như những thay đổi đời xe Toyota Corolla. Thường xe Toyota Corolla sản xuất theo từng thế hệ (generation) và những xe trong cùng một thế hệ giống nhau từ khung xe, cấu trúc, ghế ngồi...chỉ mỗi năm thay đổi chút ít về nội thất, đèn xe bên ngoài, cản gió, điện tử..v.v.. Nói chung là dù có thay đổi chút ít nhưng quý vị nhìn vào vẫn biết ngay là xe Toyota Corolla. Sars-Cov-2 dù có thay đổi, nhưng chúng ta nhìn vào vẫn biết là Sars-Cov-2 (và hy vọng là vaccine cũng sẽ vậy).

Loại chủng mới ở Việt Nam có thể là D416G

Chủng virus mới tại Việt Nam có thể là chủng D614G, hiện đang là chủng hoành hành ở châu Âu và Mỹ.

Dựa trên các phân tích trên, tôi đoán chủng virus mới tại Việt Nam có thể là chủng D614G, hiện đang là chủng hoành hành ở châu Âu và Mỹ. Theo bộ y tế Việt Nam thì chủng mới này có khả năng lây nhanh hơn, khiến suy luận về thay đổi D614G ở S spike protein có thể hợp lý hơn.

Dù vậy, chủng mới này có thể vẫn không thay đổi độc tố của virus, cách virus Sars-Cov-2 lây bệnh Covid-19, và khả năng nhập viện, hay tử vong của bệnh nhân.

Bởi vậy mọi người nên tiếp tục tuân thủ các khuyến cáo về sức khoẻ của cơ quan sở tại về phòng chống Covid-19.

Hy vọng Việt Nam sẽ sớm dập tắt dịch Covid-19.

Nguồn: Lá chắn Virus Corona