Ưu đãi thuế không được 'cộng dồn'!

Đủ điều kiện hưởng nhiều ưu đãi thuế sau khi Nghị định 141/2026/NĐ-CP được ban hành (29/4/2026) đặt nhiều doanh nghiệp trước hoàn cảnh "khó xử".

"Có được áp dụng cùng lúc hết tất cả các ưu đãi hay không?" là mối quan tâm hàng đầu của nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp nhỏ.

Thực tế, không phải cứ đủ điều kiện là doanh nghiệp được cộng dồn toàn bộ ưu đãi để giảm thuế tối đa. Pháp luật thuế hiện hành có nguyên tắc riêng đối với trường hợp một khoản thu nhập hoặc một doanh nghiệp đồng thời đáp ứng nhiều chính sách ưu đãi khác nhau. Nếu hiểu sai và áp dụng chồng chéo, doanh nghiệp có thể đối mặt với nguy cơ bị truy thu thuế, điều chỉnh hồ sơ khai thuế hoặc mất quyền hưởng ưu đãi trong các năm tiếp theo.

Trước đây, chính sách ưu đãi thuế TNDN chủ yếu được áp dụng theo các tiêu chí quen thuộc như ngành nghề kinh doanh, địa bàn đầu tư hoặc dự án đầu tư mới. Điều đó đồng nghĩa doanh nghiệp muốn được hưởng ưu đãi thường phải hoạt động trong lĩnh vực được khuyến khích hoặc đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn.

Tuy nhiên, Nghị định 141/2026/NĐ-CP đã mở thêm một hướng ưu đãi hoàn toàn mới: ưu đãi theo quy mô doanh thu. Theo đó, chỉ cần doanh thu nằm dưới ngưỡng quy định, doanh nghiệp đã có thể được miễn thuế mà không cần đáp ứng các điều kiện đặc thù như trước đây. Chính điểm mới này khiến nhiều doanh nghiệp lần đầu rơi vào trường hợp đồng thời đủ điều kiện hưởng nhiều ưu đãi thuế khác nhau.

Chính sự bổ sung này khiến nhiều doanh nghiệp rơi vào tình huống “trùng ưu đãi”. Một doanh nghiệp nhỏ hoàn toàn có thể vừa là dự án đầu tư thuộc diện ưu đãi, vừa có doanh thu thấp đủ điều kiện miễn thuế. Câu hỏi đặt ra là: có thể áp dụng đồng thời tất cả các ưu đãi này hay không?

Câu trả lời là không. Pháp luật đã quy định rất rõ nguyên tắc xử lý trong trường hợp này. Theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP, tại Khoản 2 Điều 23 , “Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất .” Điều này đồng nghĩa với việc không có chuyện “cộng dồn” ưu đãi để tối đa hóa lợi ích.

Điểm quan trọng cần hiểu đúng là ưu đãi thuế không áp dụng cho toàn bộ doanh nghiệp một cách đồng loạt, mà được xác định theo từng khoản thu nhập cụ thể . Vì vậy, doanh nghiệp có thể có nhiều nguồn thu khác nhau và mỗi nguồn thu có thể gắn với một chính sách riêng, nhưng với từng khoản thu nhập thì chỉ được áp dụng một ưu đãi duy nhất.

Để dễ hình dung, có thể lấy một trường hợp phổ biến hiện nay.

Một doanh nghiệp có doanh thu khoảng 900 triệu đồng trong năm, thuộc diện có thể được miễn thuế theo quy định mới. Đồng thời, đây cũng là một dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi, theo đó doanh nghiệp được miễn thuế trong 2 năm và giảm 50% trong 4 năm tiếp theo.

Nếu chọn ưu đãi theo doanh thu, doanh nghiệp sẽ được miễn thuế ngay trong năm hiện tại. Ngược lại, nếu chọn ưu đãi theo dự án, lợi ích có thể kéo dài nhiều năm sau đó. Mỗi lựa chọn đều có lợi theo một cách khác nhau, nhưng theo quy định pháp luật, doanh nghiệp buộc phải chọn một.

Trong trường hợp này, bài toán không nằm ở việc “được hưởng bao nhiêu ưu đãi”, mà là doanh nghiệp phải xác định ưu đãi nào mang lại lợi ích thực chất lớn hơn trong dài hạn và phù hợp với định hướng hoạt động của mình.

Nếu doanh nghiệp đang trong giai đoạn mới thành lập, dòng tiền chưa ổn định, chi phí đầu tư ban đầu lớn thì việc lựa chọn ưu đãi theo doanh thu (miễn thuế ngay) sẽ giúp giảm áp lực tài chính tức thời, cải thiện dòng tiền và tăng khả năng tái đầu tư. Đây là lựa chọn mang tính “ngắn hạn nhưng thiết thực”.

Ngược lại, nếu doanh nghiệp có chiến lược phát triển dài hạn, dự án ổn định và kỳ vọng lợi nhuận tăng có thể tăng nhanh theo thời gian, thì ưu đãi theo dự án đầu tư (miễn và giảm thuế nhiều năm) lại có giá trị lớn hơn về tổng thể. Khi đó, lợi ích thuế không chỉ nằm ở hiện tại mà còn kéo dài, giúp tối ưu chi phí thuế trong cả chu kỳ phát triển.

Điểm mấu chốt là doanh nghiệp không thể chọn theo cảm tính, mà cần so sánh tổng lợi ích thuế trong cả vòng đời dự án, đồng thời tính đến yếu tố dòng tiền, tốc độ tăng trưởng và kế hoạch mở rộng. Trong nhiều trường hợp, việc lựa chọn sai ưu đãi có thể khiến doanh nghiệp “thiệt” hàng trăm triệu đồng mà không nhận ra ngay tại thời điểm kê khai.

Như vậy, quy định về việc phải lựa chọn một ưu đãi khi đồng thời đáp ứng nhiều điều kiện là một nguyên tắc quan trọng nhằm tránh trùng lặp chính sách và đảm bảo minh bạch trong quản lý thuế. Tuy nhiên, điều này cũng đặt ra yêu cầu ngày càng cao đối với doanh nghiệp: không chỉ hiểu luật, mà còn phải biết phân tích tài chính và chiến lược thuế một cách bài bản. Doanh nghiệp càng nhỏ, càng cần cân nhắc kỹ, bởi một lựa chọn thuế đúng có thể trở thành lợi thế cạnh tranh, còn một lựa chọn sai có thể kéo theo chi phí không đáng có trong nhiều năm sau.